巧克力囊肿是一种卵巢囊肿，这种囊肿本身并不是卵巢的囊性肿瘤，而称为卵巢赘生性囊肿。这种赘生性囊肿本身并不来自于卵巢本身的细胞，而来自于外来的组织和细胞。之所以称为巧克力囊肿，是因为囊肿内部液体是陈旧性血液的聚集，外表上类似巧克力样的颜色，所以称之为巧克力囊肿。

巧克力囊肿的根本原因是子宫内膜异位症，正常子宫内膜存在于子宫腔以内，会随着月经而脱落，并从阴道排出。当经血顺着输卵管流入盆腔内，而且没有被机体清除的情况下，有可能会种植于卵巢。此处的内膜也会随着卵巢激素的刺激而发生增生，并且发生脱落。久而久之则会形成包裹性囊肿，即巧克力囊肿。巧克力囊肿内的活性成分是宫腔内的子宫内膜，是子宫内膜异位症的一种，也是最常见的一种。其可以引起疼痛，并引起不孕、包块，因此患者同样需要治疗。