儿童发生脑炎后，极少部分的儿童可能会留下头疼的后遗症。儿童发生脑炎后，在进行有效针对病原体的早期规范治疗，以及适当降颅压等综合治疗方案后，大部分的脑炎可达到临床治愈，此时头疼亦随着病情恢复，而有效停止。对于遗留神经系统定位体征，或神经系统异常病灶永久性损伤的脑炎儿童，可能会引起神经性头疼，出现不可逆的损伤，修复较困难时，头疼会持续较长时间，甚至影响终身。
儿童脑炎指各种病原体，通过血行途径，邻近脏器的浸润，或颅脑外伤后的异常通道，进入中枢神经系统，在局部定植，引起的神经系统感染性损伤，主要临床表现在急性期时，可表现为急慢性的脑功能紊乱、颅内高压以及神经系统的定位体征，其中颅内高压可引起剧烈的头疼、喷射性呕吐，是因为颅内高压时，脑膜或脑组织受到高压作用，刺激神经末梢引起头疼，此类头疼程度较重。同时在急性期时，因脑功能紊乱、神经功能的紊乱，可出现痛觉过敏的一些表现，即对疼痛反应较敏感。
