功能性消化不良的恢复时间因人而异、因病情而异，有的人可能3天、5天就好转，有的人可能1个月、2个月，甚至半年都不一定恢复。
功能性消化不良经常需要做胃镜、肠镜或腹部超声等，除外明显的器质性的病变，如消化性溃疡、溃疡性结肠炎，胆囊炎等。
若患者有比较明确的诱因如幽门螺杆菌(Hp)感染，这类患者在根除Hp后，可以很快，如3天、5天就会出现腹痛、腹胀、嗳气等症状缓解的情况。
少数患者病因学不太明确，甚至存在心理相关性压力或工作原因引起的消化不良，此时可能经过几个星期、1-2个月甚至半年的治疗，恢复效果都不太好。
