很多狐臭的患者都不希望手术或激光等有创性的治疗，而是希望能够通过使用药物来治疗腋臭。腋臭是由于人体特殊部位的大汗腺分泌不饱和脂肪酸后，被体表的细菌分解而产生的异味。所有的药物治疗都是针对大汗腺的分泌机制来阻断大汗腺的分泌。如果能通过药物的方式使大汗腺萎缩，就可以从根本上治疗腋臭。但目前药物治疗不能从根本上使大汗腺萎缩，药物主要是尽量减少大汗腺分泌不饱和脂肪酸，通常使用的药物治疗有注射肉毒素。注射肉毒素的治疗主要是抑制乙酰胆碱的分泌，从而抑制刺激大汗腺分泌的交感神经，这是一种暂时使大汗腺分泌减少的治疗方法。

如果已经形成了不饱和脂肪酸，可以用药物清洁局部皮肤，比如腘窝、腋窝等阴暗潮湿的部位，同时抑制正常菌群的生存。目前有很多外用的药物，包括20％-25％的氯化铝溶液以及1:5000的高锰酸钾溶液，目的是为了杀死细菌，从而抑制细菌分解不饱和脂肪酸。从根本上抑制大汗腺分泌的药物目前只有肉毒素。另外，还可以使用中药治疗，其目的也是为了局部清洁，抑制细菌的生长。药物治疗腋臭主要是对症治疗，不是病因治疗。病因治疗是要使大汗腺萎缩或消除，但目前还没有可以使大汗腺彻底萎缩的外用或口服药物。所以腋臭的治疗主要包括抑制分泌、清除体表分泌物以及抑制正常细菌的生长。