手足口病的病毒目前没有有效的抗病毒药物，一般用的就是对症的小中药，如健儿清解液、豉翘清热解毒口服液、小儿感冒冲剂等，对症退热、对症止泻、对症观察。
大部分的手足口病是自限性疾病，严重的手足口病毒感染会引起中毒性心肌炎、病毒性脑炎，此类孩子会有循环呼吸的问题，进而会威胁孩子生命。
但最近有手足口病的疫苗，对于部分3岁以下容易患手足口病的孩子，可以注射手足口病的疫苗，预防重型的手足口病。手足口病是一组病毒引起的综合征，并不是特殊的病毒引起来的单一症状。
引起手足口综合征这组症状的病毒，常见的包括EV71病毒、Cox病毒A组，这些病毒，特别是EV71病毒，容易引起重型的手足口病。
现在的疫苗主要也是灭活的EV71病毒疫苗，能预防重型手足口病。注射手足口病疫苗以后，重型手足口病的感染率会大幅降低，比得了病以后再对症的用药要好的多。
