长期服用乳果糖治疗便秘，长期应该是相对概念，与芦荟、聚乙二醇，或者其他比如中药含有大黄类的治疗便秘药物相比，长期服用乳果糖安全。因为乳果糖本身是高分子化合物，亦是益生元，进入肠道里不被肠黏膜所吸收，不会进入到血液循环中对其他脏器带来不利影响，益生元有助于肠道益生菌增殖、生长，可以调节肠道微生态环境，亦可以促进益生菌增殖以后对肠道健康带来好处。所以乳果糖如果长期服用，治疗便秘没有较大影响。
乳果糖本身是益生元，帮助调节肠道微生态环境时，可以促进肠道内小分子的酸性物质生成，比如乙酸、丙酸、丁酸等，在一定时间内对肠道微生态调节有好处。但如果肠道长期处于酸性环境，可能导致另外一种层面的肠道微生态改变，导致人体出现不明确的异常。无论乳果糖能否进入到血液循环当中，如果长期存在微生态影响，可能会对身体带来潜在影响，所以任何一种药物均不适合长期服用，除非不得不使用。
