多囊卵巢综合征和卵巢囊肿不一样，因为多囊卵巢综合征具有下列特点，双侧卵巢当中各有12个以上卵泡，通过B超监测没有排卵，并且还可能会出现雄性激素增高。
如果具备上述三种条件当中的任何两种，就可以诊断多囊卵巢综合征。临床还会表现为月经周期延长月经量减少，甚至闭经。另外还可能会出现体重增加，还会出现不孕不育等。
而在临床上，卵巢囊肿有生理性囊肿、病理性囊肿。对于生理性囊肿，像黄体囊肿，在来月经之后往往会自行消失。而病理性囊肿并不会消失，如果有手术指征，要手术进行治疗。而且在临床上，卵巢囊肿通常不会影响排卵，另外也可能不会导致体重的增加，也不会导致雄性激素增高等，所以两者不一样。
