导致肾囊肿的原因很多，有先天以及后天形成，大部分的肾囊肿是因为肾脏结构异常导致。也是肾小管逐渐扩张之后，随着年龄的增长越来越大，之后形成囊肿。囊肿有大有小，小的有1-2cm，大的甚至可以长到5-10cm。
有些囊肿也可以生长在肾脏外侧，也可以生长在肾脏里面，还可以生长在肾盂旁边。既可分布在左侧，也可分布在右侧，并不一定是左侧肾脏更多，还是右侧更多。而引起肾囊肿的原因，目前机制还不明确。
另外，有些是先天性，有种囊肿叫做多囊肾，是一种遗传性疾病，由染色体异常所导致。在肾脏上面会长很多囊肿，这些囊肿会代替正常肾脏，并压迫肾脏，导致肾功能不全，最后患者因肾功能不全而死，需要进行肾移植进行代替。
而这类的患者可能在肝上面也会出现囊肿，叫多囊肝，所以多囊肾联合多囊肝，都会出现在这类患者。
总之，肾囊肿是由很多的原因导致，可以是先天因素，也可以是后天因素。但是总体上，肾囊肿是良性病变，如果不产生严重症状或严重后果，不需要进行处理。
