胃肠道间质瘤危险度通常分为4级，即极低危、低危、中危、高危。从理解方面而言，若为极低危的胃肠道间质瘤，可以姑且理解为大致属于良性疾病，中高危可以理解为恶性肿瘤性疾病。
但在临床上，规范使用危险度分级评判胃肠道间质瘤，即通过以上4个等级，而这4个等级需至少3+1个因素，即3个因素加1个是否破裂因素进行评判，具体如下：
1、瘤体大小：如在2cm以下，或2-5cm，或5-10cm甚至更大，肿瘤越大危险度越高；
2、瘤体部位：胃肠道间质瘤可以生长于胃、小肠、结肠，也可能生长于胃肠道以外，如肠系膜、腹膜、腹腔内等，危险度也不一致；
3、病理检查：肿瘤切除后，通过病理检查观察病理核分裂象，病理核分裂象越高，危险程度越大；
4、是否破裂：若间质瘤发生破裂均属于高危情况，若没有破裂可能级别与危险度较低。
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