哺乳期女性发生尿路感染可以服用抗菌素进行治疗，需要选用对婴儿安全无害的抗菌素，通常可以选用头孢二代和头孢三代的抗菌素。常用的头孢二代抗菌素是头孢呋辛，头孢三代抗菌素中常用的口服药物是头孢地尼，静脉输液的药物还包括头孢曲松、头孢哌酮等。
此类患者需要注意严禁服用部分治疗成人泌尿系统感染的常用药，包括喹诺酮类药物，主要指沙星类药物，此外还包括磺胺类药物、呋喃妥因。因为这些药物会通过乳汁代谢，婴儿如果吞食了含有这些药物的乳汁会出现一系列问题。例如吞食含有喹诺酮类药物的乳汁会导致骨骺过早闭合，影响其发育，吞食含有磺胺药物的乳汁会使新生儿发生黄疸，吞食含有呋喃妥因的乳汁会影响胎儿发育，最终导致胎儿出现溶血性贫血。
除了采用抗生素治疗之外，哺乳期女性还可以配合清热利湿、通淋的中成药进行辅助治疗，常用的药物有热淋清、泌淋清、银花泌炎灵等。
