飞秒激光手术属于非常安全、高效的近视眼矫正手术，可能存在后遗症，但临床中后遗症发生的几率较低。飞秒激光术后常见的并发症是术后干眼，飞秒激光手术是通过飞秒激光在角膜磨制镜片，所以可能会伤及角膜的神经末梢，而使患者产生术后干眼的情况。
半飞秒激光手术中需制作角膜瓣，而角膜瓣可能发生扭转、瓣下浑浊，还可能发生欠矫或过矫的现象，甚至患者术后可能存在视力的回退。虽然上述情况发生几率较低，但也可能存在。此外，飞秒激光手术患者在术后可能发生眩光的情况，因为飞秒激光的矫正高阶像差难度较大，所以术后患者的视觉质量可能无法得到有效提升。
