自然流产的原因包括胚胎的问题、母亲的问题、父亲的问题、环境的因素等。自然流产的原因很多，如果发生多次就一定要就医。
一、胚胎的问题：
首先最常见的就是胚胎本身出问题，尤其在早孕期流产，越早期发生的流产50%-60%都是胚胎本身不好。经常看到染色体的多倍体或者45Xo就是染色体数量不够而发生流产。中期妊娠大概1/3因为染色体异常，到晚期就只有5%。这是指胚胎染色体的数量和结构异常所引起的流产情况。
二、母亲的问题：
1、全身问题：高烧怀孕就可能发生流产，或者严重合并症如肝病、心脏病、糖尿病很严重可能流产。子宫问题如单角子宫、子宫畸形、特殊双子宫以及大的子宫肌瘤也容易发生流产。宫颈机能不良也会发生中晚孕期的流产；
2、内分泌：母亲本身孕激素水平不足或者有甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进症容易发生流产。合并风湿免疫性问题如抗磷脂抗体综合征，体内有免疫排斥。因为胚胎有一半的染色体物质来自于父方，所以对它属于排斥状态，排斥增强就会流产。
三、父亲的问题：
父亲本身带有不良的致病因素，可引起一系列的问题。
四、环境因素：
母亲在不良的环境里接受大量的放射线、不良的理化因素，母亲生活工作环境不好，天天酗酒或者抽烟等都可能导致孩子异常情况。
