肾萎缩是肾积水最为严重的并发症，此时要根据肾萎缩后残存的肾功能来决定进一步的治疗策略。一般要进行利尿肾图检查，可以明确肾萎缩这侧的肾脏的功能残余情况。

1、轻、中度肾功能损失：如果只是轻到中度的肾功能损失，可以努力挽救肾萎缩这侧的肾脏，进行内引流手术。即通过输尿管镜或膀胱镜，在萎缩的肾这侧，放置输尿管支架管，观察一段时间，解除梗阻后，肾脏的功能是否有所恢复。如果有恢复，可以通过定期换管或者采用解除肾积水梗阻的手术进行治疗，因为肾脏还有挽留价值，如果内引流手术不成功，推荐进行同侧经皮肾穿刺引流。此种穿刺一般是在B超引导下进行，选择患侧肾脏，在合适的体表投影处，穿入细针，再放置引流管，也可以将积水肾脏内积存的水、尿液或者可能的脓液排出，再观察肾脏功能变化；

2、重度肾功能损失：如果肾图检测肾脏已重度功能损伤，功能非常差，在影像学上可见肾脏已萎缩，只剩一层皮囊。此时一般建议患者进行患侧萎缩肾脏的切除术。因为如果保留已无任何功能，反而容易诱发高血压、继发感染等不良并发症。所以重度肾萎缩，功能已丧失时，建议进行肾脏切除手术。