包皮手术安全系数较高，一般风险不大，但并非无风险，因为做任何手术均有一定风险。包皮手术在门诊中属于微创小手术，手术时需麻醉，如果对麻醉药过敏，可出现严重问题，但过敏几率较低。包皮局部血流丰富，手术时可出现出血，包皮局部组织也较松软，所以出血后可形成大血肿，尤其是在晚上做完包扎后，因为晚上夜勃或早晨晨勃时血流增加，勃起后可能出现疼痛，部分患者还可出现出血。
如果出血处理不当，可形成局部血肿，或引起表面的低血压出血，但发生几率较低。除外，如果手术后不注意，如排泄时湿润纱布或在手术中无菌操作不严，均可增加感染几率。较多男性患者在意包皮局部外观，而手术时如果切得不整齐，可影响外观甚至影响功能。
