肠镜通常指结肠镜检查，结肠镜检查主要查大肠。小肠和结肠接口的地方叫回肠末端，结肠镜通过回盲瓣可以进到小肠内，但结肠镜查小肠只能查10cm左右。因为小肠较长，可能达到几米长，所以通过结肠镜无法检查小肠，只能看到回肠末端。

如果是针对小肠肠镜检查，要通过小肠镜检查，不是结肠镜检查。小肠镜与结肠镜检查外观相似，但结构有差别，比如小肠镜会带气囊，有双气囊的小肠镜，也有单气囊的小肠镜。因为小肠镜的检查比较复杂，操作时间也比结肠镜长。另外肠道的转弯较多，对医生的要求高，如果操作不慎，可以引起小肠穿孔。因此是否需要做小肠镜检查，通常由医生根据患者的具体病情进行判断。