部分乙肝大三阳携带者能够阴转。一般乙肝病毒分为4个阶段，幼年时如果感染乙肝病毒，进入到体内后，虽然其数量比较高，但是不损伤肝细胞，和肝细胞和平共处。此阶段肝功能正常，称为免疫耐受期。

但是随着时间逐渐延长，机体会识别乙肝病毒并非自体所有，并发动进攻。而后一般会出现转氨酶异常，但是乙肝病毒的数量会下降，此为两败俱伤的结果。此阶段称为免疫清除期，即肝功能异常，但是乙肝病毒的数量下降。

此阶段如果转氨酶升高，且年龄低于40岁，尤其是基因型B型的患者，可能有2%-15%的患者E抗原能够消失，且产生E抗体，即能够达到E抗原的血清学转换。发生E抗原血清学转换后，每年有0.5%-1%的患者可以出现表面抗原的阴转，即能够清除病毒，达到自愈转阴的结果。