卵巢巧克力囊肿是一种良性疾病，其并不严重，但具有恶性生物学行为，即容易复发，除了生长在卵巢以外，还可以累及韧带、直肠窝，形成小种植结节，引起身体不适甚至恶变，所以应该积极治疗。卵巢巧克力囊肿主要造成的问题是疼痛、不孕，经过积极的治疗能够有效缓解疼痛，可以保证正常学习和工作。
对于巧克力囊肿引起的不孕，早期时积极治疗，患者可以怀孕，但如果不进行积极治疗，年纪超过40岁以后再进行治疗，生育希望很小。卵巢巧克力囊肿如果不进行积极的治疗，囊肿会逐渐长大，痛经会逐渐严重，甚至囊肿长大到一定程度产生破裂，尤其在经前期后破裂，会导致剧烈腹痛，要进行急诊手术，急诊手术不如择期手术准备充分。若长期没有任何干预，任其随意生长，有1%以上的恶变概率。
