40天的宝宝如果咳嗽、有痰，可以通过以下的方式进行处理：

1、经常拍背：这时咳嗽反射能力比较差，容易出现咳嗽，痰不容易排出的现象，这时及时进行拍背处理，可以帮助痰液排出，将宝宝抱起后让头靠在家长的肩膀，也可以在侧卧位时轻轻拍打后背，可以帮助咳嗽，促进痰液排出；

2、调整环境：建议温度保持在25-27℃，湿度保持在55%-65%，对咳嗽、痰多会有一定帮助；

3、调整母亲饮食：如果由母亲进行母乳喂养，可以在咳嗽、有痰期间让母亲多吃清淡的食物，多喝水，可以吃冰糖梨水或者萝卜水；

4、病因治疗：可以带宝宝到医院就诊，如果出现咳嗽、有痰，可能存在某些疾病，例如支气管炎或支气管肺炎，异物刺激造成吸入性肺炎等情况造成，这时要及时进行检查之后明确诊断对症治疗，可以缓解咳嗽、有痰的现象。