腰椎间盘突出症微创手术最常见的后遗症是腰痛，手术虽然创伤小，但仍会破坏部分正常腰部结构，几乎所有患者术后均有一定程度腰痛，尤其在活动时疼痛较为明显。一般术后给予患者抗炎止痛药物，在缓解疼痛症状的同时可减轻手术部位的炎症反应。大部分患者疼痛症状逐渐消失，少数患者持续较长时间，部分患者在天气变化时出现酸胀或疼痛，但程度较轻。
术后腰腿痛、麻木症状缓解，但仍有部分残留，以麻木症状残留最为多见，这是神经功能受损无法完全恢复的表现。后遗症不是并发症，任何手术或其它任何形式的治疗都不可能使椎间盘和神经恢复如初，因此或多或少都可能存在后遗症，但此类症状经过正规治疗后对生活质量影响较小。
