只要是确诊慢性疲劳综合征，预后一般比较良好。同时，在早期的时候，一般可以通过自身的生活作息规律，以及生活方式的改变，通过有氧运动的调节，以及音乐疗法的放松等自我调节之后，可能会有很好的改善。如果结合临床的中医治疗方法，或者是其它的现代医学的治疗方法之后，可能疗效会更好。
所以一旦确诊为慢性疲劳综合征，建议第一时间应该早发现、早治疗，这样不会去影响其它的脏腑的调节功能，这样预后会良好，而且一般不留后遗症。在针对合并症，还有病程时间比较久，症状比较繁多时，建议患者去正规的医院，以及正规科室，进行正规的合理的治疗，无论是中医的治疗还是中西医结合的治疗，都希望采用合适自己的一种治疗方法。
只要是合适的治疗方法，还有能够坚持听从医生的医嘱进行治疗，一般慢性疲劳综合征都可以治愈，而不会遗留有后遗症。如果有再次发生的时候，症状可能会和上一次的症状一样，可能调理起来就更方便，会好的更快。所以在调理和治疗的时候，不要有压力。