肾盂处在肾脏中心位置，因为肾盂属于肾脏集合系统，整个肾脏大致形状就像大的蚕豆，在周边偏肉质的部分里面是产生尿的部位，有大量肾小球，把废物过滤出来形成原液。里面有很多小管道，此类管道属于产生原尿的初级管道，管道汇集起来通到肾盏部位，可以通俗的理解为小房间，然后小房间再通过各种管道聚集到大房间，称为大客厅，即为肾盂所在。即从肾脏的各个部位，把尿放到小房间，然后再集合到大房间，即为肾盂。
肾盂在肾脏中间，肾盂下端和输尿管相连，所以将尿最后排出去。肾输尿管结石时会造成肾积水，水就是存在肾盂内，所谓肾盂积水扩张，即肾盂的部位得到了扩张。在上尿路感染时，指的即为肾盂肾炎，因为肾盂和周边肾皮质紧密相连，血供特别丰富，所以一旦出现肾盂感染，患者可能会出现感染中毒性休克，比如寒战、高热，甚至血压剧烈下降。
