阴茎上方疼痛，常见原因如下：

1、慢性前列腺炎：属于常见原因，患者有慢性前列腺炎，由于感染性致病菌，刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，还会引起前列腺腺体炎性肿大，进而导致膀胱区阴茎上方出现糜烂及黏膜水肿、疼痛症状，则会出现阴茎上方隐痛或坠胀不适；

2、输尿管结石：患者发生输尿管结石时，由于结石刺激输尿管黏膜，会导致黏膜上端痉挛，患者出现剧烈腰腹部绞痛症状，还会出现会阴部、阴茎放射性疼痛症状，也会出现阴茎上方疼痛症状；

3、阴茎硬结症：患者出现阴茎硬结症时，在阴茎勃起时也会出现阴茎局部疼痛症状。

因此，患者出现上述症状时，需要及时到泌尿外科或男科就诊，通过泌尿系彩超检查可发现前列腺是否出现炎性肿大、回声不均、钙化等情况，还可发现输尿管是否存在结石。