大多数肺动脉高压不能达到根治，但是可以通过治疗包括药物治疗、针对病因的治疗，达到控制的作用。肺动脉高压并不是独立的疾病，可能有较多的病因。比如肺动脉出现血栓、栓塞，会导致肺动脉的压力增加，出现肺动脉的高压。由于肺动脉栓塞导致的肺动脉高压，可以进行抗凝的治疗、降肺压的对症治疗。
特发性的肺动脉高压，可能没有明确的病因，会出现广泛的肺小动脉痉挛，导致肺动脉的压力升高。这种疾病可能无法根治，但是可以通过肺动脉高压的靶向药物，比如波生坦片、安立生坦片等内皮素的受体拮抗剂、枸橼酸西地那非片、前列腺素等药物。通过肺动脉高压的靶向治疗，来改善肺动脉高压，改善患者的症状和预后。
