引起胚胎停育的原因很多，包括男方因素、女方因素、胚胎因素，其中最重要因素是胚胎本身因素。精子和卵子受精之后，精子、卵子本身如果存在问题，或者受精卵出现基因、染色体问题，则会导致胚胎停止发育。胚胎停止发育本身并不是坏事，因为如果胚胎质量出现问题，说明其不符合优生优育的原则，胚胎停育本身是淘汰劣质胚胎的自然过程。

除胚胎本身因素之外，男方精子质量会受到遗传性因素的影响，从而会引起精子的DNA物质发生问题。还有男性周围的环境因素，比如环境毒物，吸烟和饮酒，也是很大的影响因素，会对精子质量产生很大影响。此外，女性生殖道畸形、生殖道感染、生殖道肿瘤，还有凝血功能问题以及免疫性疾病、甲状腺疾病，均可能会对胚胎产生影响，同样为发生胚胎停育的重要原因。