大部分小脑萎缩的疾病，不可以治疗，只有少一部分，可以通过功能代偿而恢复。
小脑相关的疾病，常见于遗传相关的疾病，比如遗传性小脑性共济失调、脊髓小脑性共济失调，这些患者都可以在比较早的年龄出现小脑萎缩，而且萎缩会进行性加重，最后影响走路不稳，甚至瘫痪卧床。在老年群体中，有一个比较代表性的病叫做多系统萎缩症，是指头部累及多个系统的萎缩，其中包括小脑萎缩，常表现为走路不稳、共济失调。这些疾病治疗起来都很困难，因为一类属于遗传相关性疾病，另外一类属于变性性疾病，这些疾病都是逐渐加重，而且没有特效药的治疗方法，因此治疗效果都不好。
只有少一部分的疾病可以治疗，比如脱髓鞘病，比如外伤性的或者是血管性的小脑梗死等，这些病变可以通过治疗去改善。但是如果形成小脑萎缩，萎缩这一部分的脑功能照样还是不能恢复。所谓的改善是通过治疗，减少损害的发生，或者是让其他部位的脑功能来代偿已经萎缩这部分小脑的功能，从而起到治疗的效果。
