囊胚孵化通常指囊胚发育到一定程度，外面的透明带被撑破，囊胚内的胚胎从透明带中孵化出，即剥脱透明带，该现象便被称为孵化。患者进行试管婴儿时，精子与卵子结合后逐渐开始发生卵裂，卵裂到7-8细胞阶段，即第三天时通常出现卵裂胚。卵裂胚继续发育，在此过程中可以逐渐生长出囊胚液，即囊胚腔，囊胚腔中通常充满液体。

随着囊胚的体积进一步增大，细胞数增多，体积越来越大，外面包裹的透明带可以变得越来越薄。当囊胚的体积增大到一定程度时，外面变得越来越薄的透明带便可以被撑破，而后胚囊内的胚胎从透明带中脱出，该动作便被称为孵化。孵化完全的囊胚为6级囊胚，孵化后胚胎才开始进行着床和种植。因此囊胚的孵化是囊胚发育过程中，与进行胚胎种植前必须经过的阶段，也必须出现的现象。如果囊胚无法孵化，通常无法在子宫腔内进行种植。