两次杀幽门螺杆菌，通常间隔1个月左右再次进行。由于第一次根除幽门螺杆菌以后，需要停药1个月的时间再进行呼气试验，这时能明确判断是否已经根除。如果仍然存在幽门螺杆菌，需要根据病情的需要再次进行治疗，这时可以再次用药治疗。注意如果第一次幽门螺杆菌治疗失败，在第二次选用药物的过程中，尤其是在选用抗生素的过程中，建议避免与第一次使用相同的药物。

幽门螺杆菌治疗失败，通常都是由于抗生素耐药。目前临床上耐药率比较少的是阿莫西林和四环素类药物，如果第一次进行根除治疗，没有出现青霉素过敏，可以首选阿莫西林与另一种抗生素联合使用，如果阿莫西林过敏，可以使用四环素代替。如果两次治疗都失败，建议暂停治疗，进行两次根除幽门螺杆菌之后，细菌的活性也会降低。幽门螺杆菌通常呈棒状，反复进行治疗以后会变成球状，对外界刺激的反应性下降，因此短时间再次给药，可能根除率也比较低。如果两次治疗幽门螺杆菌都失败，建议停药半年以后再次进行治疗。