胃镜可以区分部分食管炎和食管癌，部分食管炎或食管癌，需要借助于病理组织检查才能确诊，例如食管溃疡，便需要借助病理组织检查，甚至可能要反复做病理组织检查。同时要结合患者的症状，例如近期是否有消瘦、贫血、纳差、乏力等，以及借助于CT检查等综合因素检查后，才能得到最后的确诊。对于胃镜难以区分食管炎和食管癌，还可以借助其他手段，如胃部超声等，协助鉴别究竟是食管炎，还是食管癌。
对于食管炎患者，应积极寻找导致食管出现炎症改变的原因，如果是反流因素所导致，建议采用PPI的治疗方法，而如果是由于不当的生活方式，或存在机械性损伤等，便可以用黏膜修复的药物，来帮助达到缓解。如果是食道癌，能够手术，便建议尽早手术。因此对于胃镜下的特殊病变，应通过综合考虑，并结合患者情况后，再给予不同的治疗方案。
