肛周脓肿术后复发的治疗和肛周脓肿初次治疗基本一样，但一般如果复发，仍然在原部位生长，这时往往将其认为是肛瘘，会按照肛瘘的治疗方法进行手术。肛瘘的治疗一般需要手术治疗，一般通过保守治疗无法治愈。肛瘘手术又根据瘘管的深浅有不同的治疗方法，如果瘘管内口位置比较深，此时一般采取挂线疗法。如果位置非常深，挂线疗法已经不足以切断里面的组织，此时一般进行引流或者进行主动的冲洗引流。
如果肛瘘瘘管比较浅，可以采取切开瘘管的方法或直接切除瘘管的方法进行治疗，因此具体采用何种手术方式需要根据内口和瘘管的位置决定。一定要注意术后会复发存在两个原因，术后可能没有注意养成好的饮食习惯和排便习惯，可能术后在切口愈合之前存在分泌物，没有及时进行坐浴或者处理，切口表面愈合，而内部没有愈合，导致分泌物无法排出，在身体免疫力下降的时候会出现复发。
