气管镜检查需要患者配合，若患者在气管镜检查前局部麻醉良好，气管镜插入可能非常顺利，患者无剧烈咳嗽等不良反应，真正气管检查时间大约15分钟，即医生持气管镜进入到每一支气管，观察气管内有无病变时间大概需要15分钟。若进行病理检查，时间需要加长。

进行病理检查时夹除气道黏膜后，需要观察黏膜有无出血，若局部出血，可能需要经过止血处理。部分病变在气管外侧，需要通过超声引导下，经气管穿刺到气管外病变组织，取气管外组织进行病理检查，难度和危险度增加，时间也会增加。大多数顺利情况下，气管镜取病理检查时间在半个小时左右，病情复杂时间延长。