引起胎儿发育畸形的原因较多，具体如下：

1、染色体异常、基因疾病：可能在受精卵形成时，会出现一些先天染色体异常或先天基因疾病。这种状况下，胎儿在逐渐生长发育的过程中，常会合并有多发脏器畸形。而且可能在怀孕早期，会被自然所淘汰，出现自然流产。如果能够幸运存活下来，在后续的生长发育过程中，也容易出现多脏器畸形。所以在常规的产前检查，排查畸形的筛查过程中，需要重点进行一些相应的检查；

2、母体感染病毒、细菌：除了染色体异常、基因疾病等，也可能是由于母体在早孕期间接触了病毒，感染了病毒、细菌，或患有一些疾病，应用容易导致胎儿生长发育畸形的一些药物等，容易造成比较严重的畸形；

3、自发性变异：部分是由于在胎儿生长发育的过程中，出现自发性变异或自发的单脏器发育异常。

所以胎儿畸形原因多种多样，有时候可能难以应用单一因素来予以解释，所以具体情况需要具体分析。结合每个胎儿畸形存在的严重程度，是否合并有多发的脏器畸形，母体在怀孕早期是否有一些特殊疾病，是否应用一些特殊药物，是否存在一些有毒物质的接触史，以及是否感染一些特殊病毒等来进行综合判定，才能为下一步处理提出建议。