对于恶性的胃肠道间质瘤，比如有手术机会把肿瘤一网打尽，其实这部分病人预后还是相对于胃癌、肠癌要好的，术后进行规范靶向药物选择，如基因检测之后选择合适的靶向药物，长期的控制病人不会出现复发转移还是非常希望大的。即使发生肝转移、腹腔种植转移，在药物控制前提下采取高质量的外科手术，这些病人生存10年、20年也还是有的。
但是确实有一部分病人，比如做完手术之后，在两年之内出现复发，这些病人一旦出现复发，出现伊马替尼耐药，在后线选择其他的二线、三线、四线的药物之后，确实这部分病人相对的预后就会差一些。但是只要按照医嘱，按照有经验的中心选择合适的药物控制，依然可以达到延长寿命的目的。
