月经不调总是排不干净的原因如下：

1、内分泌紊乱：内分泌紊乱导致月经不调、淋漓不尽，主要由于激素不稳。可先采用激素治疗，使经血尽快排干净，再进行人工周期治疗，治疗3个月后停药，同时观察月经及病人身体恢复情况；

2、器质性病变：尤其是妇科肿瘤，常见于子宫内膜息肉、宫颈息肉、子宫肌瘤及子宫内膜癌变等，此类疾病肿瘤本身会造成出血，所以月经总是排不干净。需及时就医，采取手术治疗切除病灶。