HPV疫苗已经上市十几年，总体比较安全，没有特别的风险。HPV的疫苗主要的副作用，是注射部位的疼痛、硬结、红肿。部分患者还可能出现38.5℃以下的低热，通常不会超过48小时，还有患者可能有发生率比较低的过敏反应。目前并未发现远期的副作用，如影响生育，导致畸形，影响个体的发育，以及导致疾病发病率的增高。

接种疫苗的过程中，通常建议避孕，但如果接种疫苗的过程中怀孕，也不建议流产，因此HPV疫苗比较安全。怀孕都有一定的流产概率，孕妇可以进行定期产检，以及定期复查。目前的研究也没有发现HPV疫苗有导致免疫系统疾病，或其他疾病发生的概率增高的风险。

目前在全世界，HPV疫苗已经上市十几年，总体安全性比较好，没有特别的风险，效果也比较好。部分发达国家，由于疫苗的使用，以及良好的宫颈筛查，近20-30年的宫颈癌发病率已经下降70％-80％。WHO也有一个目标，是希望在全世界范围内消除宫颈癌，通过两大手段，一个是疫苗的接种，一个是定期的筛查，可能会有效。