多烯磷脂酰胆碱胶囊和水飞蓟宾胶囊，如果是由于疾病治疗的需要，可以在医生的指导下联合使用。由于两个药都是肝病的辅助治疗用药，多烯磷脂酰胆碱胶囊主要是用于辅助改善中毒性肝损伤以及脂肪肝、肝炎等，以及药物、毒物、化学物质、酒精等引起的肝损伤，可以使用多烯磷脂酰胆碱胶囊物进行治疗，起到辅助改善肝功能的作用。而水飞蓟宾胶囊也是肝病的辅助治疗用药，用于治疗急、慢性肝炎、脂肪肝，有助于肝功能异常的恢复。

此外多烯磷脂酰胆碱胶囊的说明书中提到，该药物需要随餐服用，且要求用足够量的液体整粒吞服，不可将胶囊嚼碎。而水飞蓟宾胶囊在说明书中，没有提到是在饭前还是饭后服用，说明在饭前饭后服用都可以，食物对于吸收和疗效的发挥没有显著的影响。但在水飞蓟宾胶囊的药品说明书中提到，不良反应主要是胃肠道的症状，比如恶心、呃逆、胸闷等，因此一般也建议在餐后服用，可以最大限度的减少药物对胃部的刺激。综上所述，两个药如果是需要联合使用时，都可以在随餐的状态下服用。