巴氏腺囊肿可以选择手术治疗，经过手术治疗，可以将巴氏腺囊肿进行开窗引流，开窗引流之后，能够让巴氏腺囊肿的炎症逐渐消退，将会大大减少复发的机会。
当然，只要巴氏腺还是存在，没有彻底地切除，未来如果卫生条件欠佳，不注重个人卫生护理，依然还是有可能会发生巴氏腺囊肿，甚至发生巴氏腺脓肿。
实际上，巴氏腺处于女性外生殖器阴道前庭位置，在女性的小阴唇和处女膜后缘的根部交界处，在这个位置有一个巴氏腺的开口。正常情况下，巴氏腺具有着一定的分泌功能，可以分泌一些液体，在性生活时起到润滑作用。
正是因为巴氏腺能够分泌液体，能够在性生活时减少不适感，因此，大多数的情况下，发生巴氏腺囊肿的时候，并不会直接将巴氏腺进行切除，而会选择进行巴氏腺囊肿的开窗引流手术。
大多数的情况下，通过开窗引流将巴氏腺囊肿内部的液体放出，巴氏腺能够逐渐地恢复到原来的解剖结构，并不会反复发作。
