如果不采取医疗措施，肾囊肿不会自行缩小，除非发生破裂，因为不管是良性的肾囊肿，还是恶性的肾囊肿，都是肾脏病变的一部分，特别是良性的肾囊肿，是肾脏老化的表现，随着年龄的增长会逐步增大。
如果确认是良性的，在直径＜5cm时动态观察即可，当直径＞5cm时需要穿刺、抽液，使肾囊肿缩小。如果是恶性的，不论大小，不管病人的年龄、性别以及种族，都需要积极做肾脏强化CT或者肾脏囊肿的磁共振，来确认是否确实存在恶性病变，存在恶性病变的囊肿需要泌尿外科积极行手术处理。
如果是多发性的囊肿，特别是多囊肾，也不可能使囊肿自发性地缩小，除非发生破裂，囊肿的内容物流出使囊肿缩小，但是这是一种病态，可以造成病人严重的疼痛、感染或者体温升高。
多囊肾病人一般不处理多发性囊肿，因为处理了大的囊肿以后，小的囊肿会更加快速地长大，造成更加严重的后果。
