萎缩性胃炎是否严重，不能一概而论，与非萎缩性胃炎如浅表性胃炎相比，相对较为严重，但与癌前病变如肠化生、异型增生，以及胃癌相比，则严重程度较低。对于慢性萎缩性胃炎，根据发生萎缩的部位不同，严重程度也不完全相同，如发生在胃窦部的萎缩往往因长期幽门螺杆菌感染未根除，出现胃窦部幽门腺减少，称为胃窦部萎缩性炎症，治疗效果较好，可通过药物逆转萎缩。
而胃体部萎缩主要是胃体腺体减少，表现为低胃酸状态，患者壁细胞减少，导致酸分泌减少，进而呈低胃酸状态，出现消化不良及叶酸、维生素B12吸收缺乏，可能会出现恶性贫血。胃体萎缩性胃炎往往与免疫状态有关，患者可能会出现免疫紊乱，属于免疫系统疾病，与遗传有一定关系，治疗上比胃窦部萎缩性胃炎更困难，同时更为严重。
