滑膜囊肿不会发生癌变。因为滑膜囊肿本身是一种良性病变，最为多见的是膝关节的腘窝囊肿，还有其他部位的囊肿，如膝关节半月板囊肿，以及其他肩关节炎、肘关节炎导致的滑膜囊肿。
囊肿其实就是关节腔的关节液，从关节囊薄弱处突出，流到了关节外的部位，在关节外的肌肉间隙形成囊性包块，可以将上皮组织组成囊袋，都是由大量关节液组成。
关节液有些比较稀薄，有些稍黏稠，也比较常见，总体而言大部分都是液体性质，所以不是实质性的组织块。囊肿包括外面的囊壁，还有其中的关节液都是良性成分，都是人体的正常组织，而不是肿瘤，所以从性质上不会变成肿瘤。
手术治疗是将囊肿的包膜，包括其中的内容物完整的分离切除，根部做结扎、缝合，可以防止复发，切除彻底一般不会复发，更不会变成癌症。
