灌肠通常是7-14天为1疗程，需根据具体情况而定。对于直肠炎症，如糜烂、溃疡等，可以使用灌肠的方法，让肠道黏膜得到恢复。对于溃疡性结肠炎，若病变局限于直肠，可以用美沙拉嗪灌肠，则可能是14天为1疗程，所以灌肠的具体疗程，应根据病变的情况以及病变的性质而定。
灌肠治疗通常用于直肠病变，如直肠的非特异性的炎症、糜烂、充血、水肿、溃疡等，也用于溃疡性结肠炎，局限于直肠的情况。灌肠治疗的疗效较理想，但是不要擅自在家里使用灌肠，若操作不当，通常将造成肛周皮肤的损伤、直肠黏膜的损害等并发症，所以应在医生指导下进行灌肠。
