强直性脊柱炎隐匿发病，病程长，且发病多样，这些都增加了诊断的困难。部分患者在就诊时易被诊断为其它如类风湿关节炎、风湿性关节炎、痛风、瑞特氏病、腰椎间盘突出等病症，原因有以下几点：
1、对强直性脊柱炎概念不清，误诊原因首先是部分专科医生概念陈旧，很多患者被错误的诊断为风湿性关节炎而加以治疗，部分医生仍然认为强直性脊柱炎是类风湿的中枢型，面对典型病例仍然诊断错误；
2、忽略强直性脊柱炎外周关节的表现，目前通用的强直性脊柱炎诊断标准中的临床指标均只包括脊柱症状，加之强直性脊柱炎的称呼，使得人们忽视了强直性脊柱炎的外周关节和关节外的病变，造成许多临床医生在谈到强直性脊柱炎时只理解为单纯脊柱病变，这也是造成强直性脊柱炎高误诊和漏诊率的原因之一；
3、过分依赖或者忽视辅助检查，由于一些临床医生缺乏对强直性脊柱炎临床特点的认识，或只满足对X线检查，过分依赖骶髂关节的影像学检查，而忽视强直性脊柱炎临床表现和体格检查，因此易造成误诊和漏诊。在临床中也有过度诊断强直性脊柱炎的病害，特别是育龄期的女同志，致密性髂骨炎也会出现骶髂关节的改变，但很多医生都诊断为强直性脊柱炎，其实也是过度诊断的一些因素。