萎缩性胃炎是否严重需结合萎缩范围、萎缩程度、是否有异型增生共同分析，并不是所有的萎缩性胃炎均严重。若萎缩范围只局限于胃窦，在进行胃镜检查时，胃镜报告上写明萎缩性胃炎C1期。此时通常不是特别严重，C就提示萎缩为局灶性，可分为C1、C2、C3。若为O，说明已经为开放性，包括O1、O2、O3。随着C1-O3的变化，说明萎缩范围逐渐变广。若是O的情况下，说明累及范围已较广，萎缩性胃炎严重程度也有所增加。
萎缩性胃炎严重程度不仅与范围有关，还与病理程度、是否合并重度肠化以及异型增生等密切相关。若萎缩性胃炎为重度伴有重度肠化，表明癌变率有所增加，甚至高达5%左右。对于此类患者，即为全胃萎缩或重度萎缩伴肠化的患者，应进行密切的胃镜监测。萎缩性胃炎若伴有异型增生，特别是高度异型增生，此类患者称为癌前病变。此时需进行内镜下干预，将出现的高度异型增生病变进行内镜下去除，患者可以达到治愈。
