停经42天，即怀孕6周，如果此时B超没有发现子宫内有孕囊，多存在以下几种情况：

1、患者月经周期长，甚至月经周期不规律，排卵期不在正常排卵时间，可导致排卵延后。如果排卵延后导致在停经42天时孕囊发育较小，B超可能无法发现较小的孕囊；

2、患者服用过紧急避孕药，内分泌紊乱而造成排卵时间混乱。此时患者即使怀孕，由于胚胎发育时间不足而看不到孕囊，这时需要注意患者是否存在其它情况；

3、胚胎种植到其它地方，临床上称为异位妊娠或宫外孕，可导致在宫腔内看不到孕囊。此时如果明确有停经史又看不到孕囊，超声医师也会反复、仔细探查子宫角，以及双侧附件、盆腔和其它部位，明确是否存在宫外孕。