新生儿心脏未闭合的原因主要是有以下几点。

一内在因素：

1、遗传因素：比如存在室间缺损，同时存在21三体综合征，此种未闭合的原因与21三体密切相关，所以新生儿心脏未闭合受内在的遗传因素影响；

2、基因：比如常见的房缺、室缺、动脉导管未闭，也都是由基因决定。此种基因所导致的新生儿心脏未闭合，并不像21三体染色体畸形明显，而且其发病机制更为复杂。

二、外在因素：

怀孕早期，胎儿的心脏发育在怀孕的前3个月之内就完成。在此过程中，母体受到了外界因素的影响。比如生物、物理、化学的因素影响，或者照了放射线，或者是感冒、病毒感染，或者是缺乏叶酸，或者是口服某些药物，都可以导致新生儿的心脏在出生以后不能够正常进行闭合。

很多时候新生儿心脏未闭合找不到明确原因，有些基因缺陷也处于研究阶段而没有确切联系。很多情况下，都是内部和外部因素相互作用，才导致了新生儿心脏没有闭合的可能性，如基因缺陷。然后又受到外部因素的影响，从而导致先天性心脏病的发生，导致心脏没有完全闭合。

所以新生儿心脏未闭合的主要原因，大多数都是内在和外在因素相互作用的结果。