宫颈癌疫苗和其他疫苗一样，都有一些副反应，但一般发生率较低，症状也较轻。主要包括疫苗局部注射的反应，如注射局部红肿、发热、硬结、包块、局部压疼，还可以出现类似感冒的症状，如乏力、头晕、头疼、浑身肌肉酸疼，也有的人群有恶心、呕吐、腹痛、腹泻的症状，有的人群有发热的情况，一般腋下体温不超过38.5℃。少数人群可能有严重的反应，如癫痫、过敏性休克等，副反应的出现可能与患者的自身状态有关系。
所以，注射宫颈癌疫苗以后，要在注射的地方观察20min，无明显的身体不适时再离开。宫颈癌疫苗的副作用一般持续3-4天会自然消失，并且注射宫颈癌疫苗的反应因人而异。目前应用的宫颈癌疫苗有3种，有2价疫苗、4价疫苗、9价疫苗，每种疫苗都有其适宜人群。
