超声引导下治疗卵巢囊肿要避开患者的月经期，常规查血常规、凝血功能、输血四项等，并向患者进行宣教，解释该治疗操作的过程及术中、术后可能遇到的问题等，取得患者的理解与配合。
选择合适的体位以及安全的穿刺路径，穿刺路径以距离最短又能避开其他重要脏器为宜；进行常规消毒，铺无菌巾，用2%利多卡因局部麻醉，在超声引导下将穿刺针刺入囊腔内进行抽液。如果抽出的液体为黏稠的陈旧性血性液体或脓液，则需要注入生理盐水或抗生素生理盐水反复冲洗囊腔，直到冲洗液清亮以后完全抽出，然后注入硬化剂进行硬化治疗。对于囊肿体积巨大者，单次穿刺硬化治疗常常不能治愈，可以在三个月以后重复硬化治疗。
卵巢的含液性病变包含疾病种类繁多，良性和恶性含液性病变声像图有时很难鉴别，所以在超声引导下治疗卵巢囊肿必须在排除囊肿为黏液性及恶性以后进行。该技术可以避免手术造成的大损伤，还可以保留卵巢分泌功能，对单纯性卵巢囊肿治疗的效果最佳，其次是巧克力囊肿。
