宝宝心房隔缺损是一种先天性心脏病，目前确切的原因不是很清楚，但是据研究与以下因素有关系。

1、遗传因素：如果是宝宝的父母有先天性心脏病或者是兄弟姐妹有心房间隔的缺损，宝宝发生心房间隔的缺损显著增高，或者宝宝本身有一些染色体的异常，或者有基因的异常，比如心房间隔缺损的宝宝是18三体综合征。出现心房间隔缺损的概率就非常高，70%-80%的可能都会有缺损，所以与基因遗传因素有关系；

2、外部环境因素：比如常见的心房间隔缺损，母亲在怀孕期间血糖偏高，有妊娠期糖尿病疾病，发生心房间隔缺损的概率也大大增加。另外在怀孕期间受到了射线的接触，经常接触射线，比如安检人员经常要通过安检口，以及机场工作人员。或者在怀孕早期接受了射线的检查，做了X光的检查，也可能会导致心房间隔的缺损；

3、感染：对于早期受到的病毒感染，比如感冒、单纯疱疹病毒、风疹病毒等感染，也会导致心房间隔缺损的发生；

4、缺乏微量元素：比如叶酸缺乏，也会导致这种心房间隔缺损的发生。

所以宝宝心房间隔缺损的原因有很多种，有基因遗传背景的问题，有外部环境的生物、物理、化学因素的影响，也包括这些相互作用的结果。部分宝宝可能没有基因的背景，也没有接触过显著的物理、生物，化学因素，但是也发生了心房间隔的缺损，也有可能，因为更多的是环境与基因背景相互作用所导致。