幽门螺杆菌感染后根据不同人群，建议有所区别。目前国内推荐四联疗法，即使用四种药物治疗，包括两种抗生素，如阿莫西林、克拉霉素 、甲硝唑、喹诺酮类以及四环素、呋喃唑酮等药物中选择。对于没有青霉素过敏的患者，首推阿莫西林加另外一种抗生素，根除率较高，另两种药物为质子泵抑制剂和铋剂，通常疗程为10-14天。
如果患者只是体检发现幽门螺杆菌但并无任何相关症状，并非一定要行根除性治疗。我国幽门螺杆菌感染率较高，如果盲目根除，将来可能无药可施。但对于有胃癌家族史、消化性溃疡、胃淋巴瘤以及严重糜烂性胃炎、胃萎缩者，建议积极进行根除治疗。
