自身免疫性肝炎患者寿命差别较大，据统计，经过治疗且生化反应良好的患者，10年的生存率可以达到80%-93%，而对于肝硬化患者或者失代偿期肝硬化患者，生存期可能明显缩短。所以患者寿命通常与就诊时病情状态，如自身免疫性肝炎的状态，还是发展到肝硬化甚至失代偿期肝硬化。以及对免疫抑制剂的反应是否良好，治疗后是否有复发等情况，都会影响自身免疫性肝炎的寿命。
因为失代偿期肝硬化的患者，通常免疫功能低下。而且部分患者已经失去激素或者免疫制剂治疗的最佳时机，容易继发感染或者肝功能的失代偿，从而出现腹水或者继发肝性脑病，以及消化道出血、肝肾综合征等并发症，也会影响患者的寿命。
