脑干梗死的主要影响，一般与脑干结构有关。脑干内有上行网状激活系统，脑干梗死时会累及该系统而影响患者的意识状态，出现昏迷、嗜睡、昏睡等临床表现。脑干还存在神经核团如运动神经核团、动眼神经核团、面神经核团等，病变累及以上核团时，可能出现眼球运动障碍、面瘫、舌部运动障碍等。
同时脑干中有传导束，如锥体束、锥体外系传导束等，累及锥体束时会出现所支配肢体的活动障碍，如肢体无力、偏瘫等。另外，脑干内有网状结构，包含具有调节呼吸、心跳作用的核团，累及以上核团时会出现呼吸节律改变或心跳、血压功能改变等，进而出现相关临床症状。
